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企业资金投入与创新人才缺乏 我国环保企业在研发上的技术人力及资金投入比例远低于欧美国家。目前环保技术研发的主要推动力量来源于科研院校，企业普遍缺乏自主研发计划与资金投入。行业中绝大部分企业出于成本与效益的考虑，没有设立研发部门或研发人员占比较小。由于项目施工任务紧、压力大，企业有时还不得不将研发人员抽调到各项目上，自然会忽视自身技术研究发展的诗和远方，导致了创新动力不足。另外，大量环保技术的创新源自学科间的交叉互通，目前我国各学科发展相对独立，培养的专业性人才居多，如何挖掘培养善于学科横向交叉应用的复合型人才也是产业持续创新的成功关键。
技术引进供需双方认知差异 海外先进技术引进作为技术创新的手段之一，存在着诸多难点。一是源生环境差异，我国实际环境和海外技术源生环境存在差异，海外技术在中国市场的适用性需要进行评估。二是商业模式差异，国内外企业在业务覆盖范围、职能划分、规模人数、商业习惯等方面的差异，以及对合作企业所在国家法律政策、清关流程不了解等问题也为国内企业的技术引进带来不便。三是文化差异，国内外企业在企业文化、民族文化上的差异导致合作双方的沟通受到影响，不能达成理想的合作。对于技术引进供需双方认知差异问题，生态环境部的《指导意见》建议充分利用技术转移机构的信息资源和专业优势，最大程度上帮助企业提高转移效率与成功率。 创新成果转化困难 《指导意见》指出生态环境领域大量科技创新成果亟待“最后一公里”的转化应用，而成果转化的难点主要表现在： - 科学化的成果转化技术评估方法及平台缺失 - 二次研发不完整，工程化和产品化存在短板 - 技术交易市场不成熟，缺乏有活力的专业咨询机构 - 金融服务体系不健全，成果转化缺乏持续动力
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